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,在疯人院中，他与病友杰弗里戈因斯格外谈得来，戈因斯主动帮助他逃出了疯人院，科尔也因此又回到了2035年。第二次时空穿越没有出问题，但科尔却发现病毒的发源地是在费城。于是他找到了凯瑟琳，让她帮助他去费城，寻找释放病毒的罪魁祸首:十二猴军团。他们以这种怪异的图案（十二只猴子围成一圈）为标志。！”
从科尔腿部取出的子弹证实了科尔的确不是属于这个时代的人，凯瑟琳相信了他的话，决心帮助他挽救人类的命运。十二猴军团原来是个动物解放运动协会，它的组织者正是六年前科尔的朋友杰弗里。而杰弗里的父亲却是著名的病毒专家科兰德，杰弗里是个疯狂的为动物自由而战的人，他绑架了父亲，组织了十二猴军团，只不过要将被科兰德博士关入动物园的动物全部释放出来。